Harry trávi letné prázdniny opäť u Dursleyovcov. Tento rok má však plnú hlavu udalostí, ktoré sa udiali na Ministerstve mágie. Rozmýšľa nad smrťou svojho milovaného krstného otca Siriusa Blacka, pripomína si hrôzostrašný zápas so smrťožrútmi i neľútostný súboj profesora Dumbledora s lordom Voldemortom. Teraz nervózne čaká vo svojej izbietke na riaditeľovu návštevu. Harryho ešte počas prázdnin Dumbledore odvedie od Dursleyovcov a privedie do Brlohu, kde strávi zvyšok prázdnin. Cestou ho zoznámi s profesorom Slughornom, ktorého prehovoria, aby prijal miesto rokfortského profesora. Na začiatku školského roku Harry zistí, že profesor Slughorn bude učiť elixíry a na jeho obrovské sklamanie sa Snape stal profesorom obrany proti čiernej mágii. Profesor Slughorn prijíma Harryho a Rona na vyššiu úroveň náuky o elixíroch – na MLOKy – a keďže nemajú potrebné pomôcky, Slughorn Harrymu požičia jednu zo školských učebníc. Harry, Ron a Hermiona zisťujú, že učebnica je plná rukou dopísaných poznámok, s pomocou ktorých sa Harry stáva najlepším žiakom na hodinách elixírov. Nájdu poznámku o tom, že kniha patrila Polovičnému princovi. Harrymu sa dokonca podarí získať Felix Felicis – elixír šťastia, s pomocou ktorého získa pre Dumbledora dôležitú spomienku od profesora Slughorna, súvisiacu s lordom Voldemortom. Dumbledore totiž v tomto školskom roku začína Harryho učiť o Voldemortovi všetko, čo on sám vie, aby sa Harry mohol čo najlepšie pripraviť na boj s ním a s jeho prívržencami. Harry sa dozvedá, že Voldemort rozdelil svoju dušu na niekoľko častí a ukryl ich do predmetov s názvom horcruxy, ktoré treba postupne vyhľadať a zničiť. Harry sa stáva kapitánom chrabromilského metlobalového tímu, zaľúbi sa do Ginny a po pár mesiacoch začnú spolu chodiť. Ku koncu školského roka Dumbledore pozýva Harryho na miesto, kde sa podľa neho nachádza ďalší horcrux. Je to jaskyňa na brehu mora a po prekonaní mnohých nebezpečenstiev a takmer za cenu Dumbledorovho života, horcrux získavajú. Po návrate z jaskyne Harry a Dumbledore zistia, že do školy prenikli smrťožrúti, ktorých do hradu vpustil Draco Malfoy. Pri vstupe do areálu ako prvého stretávajú práve Draca. Dumbledore Harryho znehybní zaklínadlom a Harry zostane navyše neviditeľný pod plášťom ešte skôr, ako príde Draco. Ten sa počas školského roku viackrát pokúsil zabiť Dumbledora, napríklad s pomocou prekliateho náhrdelníka alebo otráveného vína. Na vrchu Astronomickej veže sa odzbrojenému Dumbledorovi vyhráža smrťou, no riaditeľ ho ubezpečí, že mu dokáže pomôcť. V tej chvíli však prichádza Snape so smrťožrútmi a nečaká na Draca – sám zabije Dumbledora a potom sa spolu s ostatnými smrťožrútmi a s Dracom vyberú na útek z hradu. Po Dumbledorovej smrti znehybňujúce zaklínadlo prestáva pôsobiť, Harry začne bojovať po boku členov Fénixovho rádu a snaží sa chytiť Snapa. Nepodarí sa mu to a po krátkom súboji sa Snapovi, ktorý Harrymu vykričí, že to on je Polovičným princom, podarí spolu s Dracom a smrťožrútmi uniknúť. Krátko nato Harry zistí, že získaný horcrux je falošný - Dumbledore zomrel zbytočne. Záver knihy je venovaný poslednej rozlúčke s profesorom Dumbledorom. Na jeho pohrebe sa zúčastnia všetci študenti, profesori a mnoho ďalších Harrymu známych aj menej známych čarodejníkov, dokonca aj vodní ľudia či kentauri. Počas pohrebu Harry vysvetľuje Ginny, že nemôžu byť spolu, napriek tomu, že sa ľúbia. Vie, že Voldemort urobí všetko, aby zničil ľudí, ktorých Harry miluje, a preto nemôže Ginny vystaviť tomuto riziku. Ginny jeho rozhodnutie, aj keď s veľkou nevôľou, prijíma. Harry sa rozhodne už nevrátiť do školy v ďalšom školskom roku. Vie, čo musí urobiť. Za každú cenu musí nájsť všetky zvyšné horcruxy, ako mu prízvukoval profesor Dumbledore, a zničiť Voldemorta. Ron a Hermiona Harrymu ponúkajú pomoc a on ju vďačne prijíma. Ron ho ešte stihne pozvať do Brlohu na svadbu Billa a Fleur. Harryho to najprv prekvapí, takmer zabudol, že ešte existuje aj iný svet a iný život ako ten, ktorý ho teraz tak ťaží. Nakoniec pozvanie prijíma ako poslednú iskričku šťastia a nádeje pred temnou a nebezpečnou budúcnosťou, ktorá ho čaká a na žiadosť nebohého rokfortského riaditeľa sa vyberá na prázdniny k Dursleyovcom, ktorých obydlie môže poslednýkrát nazvať domovom.